John Blake – Mysteriet om spøgelsesskibet er en graphic novel af den store historiefortæller Philip Pullman og den talentfulde illustrator Fred Fordham. Langt ude på havet, skjult af tidens tåge, sejler spøgelsesskibet Mary Alice og hendes besætning i håbet om at finde hjem. Men det mystiske skib bliver jagtet af en skruppelløs mand, som vil gøre hvad som helst for at finde hende … Under en storm falder den unge pige Serena over bord fra sin families yacht. Joh n Blake kaster sig ud fra Mary Alice for at redde hende og bringer hende med sig tilbage om bord på spøgelsesskibet. Nu må de rejse gennem tiden for at genforene Serena med sin familie. Men hvis de skal få hende hjem, er de nødt til at tage til det sted og det tidspunkt, hvor de er mest udsat for fare.
